Vannliljer har spredte jordstengler og røtter som forankrer planten dypt i gjørmen til stille, friskt overflatevann. Røttene tar opp næringsstoffer, i tillegg til små vannreserver. De trenger ikke å ta opp store vannreserver siden anlegget er nedsenket; undersiden av bladene kan også ta opp vann.
Vannliljer har jordstengler i sitt spredende rotsystem.Hardy vannlilje
Hardføre vannliljerNår stilkene, bladene og blomstene i den hardføre vannliljen rammes av frost og dør, forblir roten trygt forankret under vann, der temperaturen ikke går under frysepunktet. Planten dukker helt opp igjen fra røttene hver vår, forutsatt at hele vannkummen ikke fryser fast.
Tropisk vannlilje
Tropiske vannliljerFrost kan drepe hele den tropiske vannliljen, inkludert røttene. Røttene må dekkes med minst en fot med stille, friskt vann. Noen tropiske vannliljer produserer knoller nær kronen som kan høstes og plantes for nye vannliljer.
Rhizomenes natur
Rhizomer er faktisk underjordiske stilker, primært brukt til lagring. Vannlilje-rhizomer lagrer karbohydrater og proteiner i hvilende perioder, spesielt om vinteren. Om våren slipper jordstenglene aminosyrer og karbohydrater for å støtte rask skuddvekst til det er nok blader som kan ta over matproduksjonen.
